авторефераты диссертаций БЕСПЛАТНАЯ  БИБЛИОТЕКА

АВТОРЕФЕРАТЫ КАНДИДАТСКИХ, ДОКТОРСКИХ ДИССЕРТАЦИЙ

<< ГЛАВНАЯ
АГРОИНЖЕНЕРИЯ
АСТРОНОМИЯ
БЕЗОПАСНОСТЬ
БИОЛОГИЯ
ЗЕМЛЯ
ИНФОРМАТИКА
ИСКУССТВОВЕДЕНИЕ
ИСТОРИЯ
КУЛЬТУРОЛОГИЯ
МАШИНОСТРОЕНИЕ
МЕДИЦИНА
МЕТАЛЛУРГИЯ
МЕХАНИКА
ПЕДАГОГИКА
ПОЛИТИКА
ПРИБОРОСТРОЕНИЕ
ПРОДОВОЛЬСТВИЕ
ПСИХОЛОГИЯ
РАДИОТЕХНИКА
СЕЛЬСКОЕ ХОЗЯЙСТВО
СОЦИОЛОГИЯ
СТРОИТЕЛЬСТВО
ТЕХНИЧЕСКИЕ НАУКИ
ТРАНСПОРТ
ФАРМАЦЕВТИКА
ФИЗИКА
ФИЗИОЛОГИЯ
ФИЛОЛОГИЯ
ФИЛОСОФИЯ
ХИМИЯ
ЭКОНОМИКА
ЭЛЕКТРОТЕХНИКА
ЭНЕРГЕТИКА
ЮРИСПРУДЕНЦИЯ
ЯЗЫКОЗНАНИЕ
РАЗНОЕ
КОНТАКТЫ

Pages:     | 1 ||

База знаний по цитохромам р450: разработка и применение

-- [ Страница 2 ] --

С точки зрения термодинамики, определяющей сборку пространственной структуры белка, концепция структурно-функциональных мотивов отвечает представлениям так называемой «островной» гипотезы [Nishikawa, 1993]. Согласно этой гипотезе разрешенные структуры белков, т.е. те первичные структуры, которые могут преодолеть термодинамический барьер фолдинга и принять определенную пространственную конформацию, являются относительно редким явлением, по сравнению со значительно большим числом возможных структур, не способных к фолдингу. Таким образом, в ходе молекулярной эволюции для обеспечения необходимых ферментативных функций белок должен консервативно сохранять некий остов – фолд-детерминирующую основу. Одновременно, специализация фермента в отношении новых функций приводит к возникновению мутаций, не затрагивающих фолд-детерминирующую основу, но обеспечивающую специфичность взаимодействия с лигандом и избирательность каталитической активности.

Вышеизложенная общая концепция нашла свое подтверждение в рамках проделанной работы по изучению структурно-функциональных особенностей белков надсемейства цитохромов Р450. Выявленные в ходе инвентаризации надсемейства общие мотивы, по-видимому, и являются компонентами фолд-детерминирующей основы белков надсемейства. Мотивы общего обеспечивают такие базовые функции, как фиксация гема, закрепление в мембране эндоплазматического ретикулума (для микросомальных форм цитохромов Р450), фиксация молекулярного кислорода в каталитическом центре, взаимодействие с редокс-партнерами (см. рис. 8а).

С другой стороны, частные мотивы являются продуктом специализации представителей различных семейств цитохромов Р450 в отношении уникальных функций. В это утверждение доказывается: а) путем анализа мотивов семейства стероловых деметилаз;

б) путем коррекции результатов кластерного анализа на основании критерия структурно-функциональных мотивов. В ходе изучения семейства стероловых деметилаз было показано, что частные мотивы расположены в элементах структуры белка, участвующих в узнавании субстрата [Лисица, 2004].

Распространение этого наблюдения на другие семейства цитохромов Р450 следует из повышения степени соответствия между составом номенклатурных групп и результатами кластерного анализа, достигнутого в результате применения критерия структурно-функциональных мотивов (см. табл. 5).

Анализ двух типов структурно-функциональных мотивов может быть предложен в качестве метода прогнозирования функциональной специфичности новых форм цитохромов Р450, выявляемых в геномах. Кроме функционального аннотирования, мотивы могут быть использованы в качестве элементов для конструирования химерных форм цитохромов Р450 с заданными функциями. Обе сферы применения мотивов представляют интерес с точки зрения современных задач биотехнологии.

3.5 Заключение: взаимосвязь между структурой белка и его субстратной специфичностью как основная проблема биоинформационных исследований надсемейства цитохромов Р База знаний по цитохромам Р450 позволяет выявить центральную научную проблему, связанную с данным надсемейством белков. Очевидно, проблема является общим отражением ситуации в молекулярной биологии, которая сложилась в связи с экспоненциальным ростом количества расшифрованных геномов. Как отображено на рис. 10, рост количества генов, кодирующих цитохромы Р450, является экспоненциальным. Так, в 1991 г. сиквенирование одного гена являлось трудоемким процессом, и каждый найденный ген, кодирующий новую форму цитохрома Р450, публиковался в виде отдельной статьи. Поиск и сиквенирование нового гена занимало количество времени, сравнимое с объемом исследования по выделению кодируемого геном белка и характеристики его специфических свойств. Как следствие, количество функционально охарактеризованных цитохромов Р450 только в 2 раза уступало общему количеству известных генов.

Рис. 10. Увеличение объемов информации о надсемействе цитохромов Р450:

- количество расшифрованных первичных структур [Nelson et al., 1991;

Nelson et al., 1996;

Estabrook, 2003;

Nelson, 2006];

- количество форм цитохромов Р450, для которых известна субстратная специфичность по отношению как минимум к одному химическому соединению.

Повышение эффективности методических подходов к сиквенированию геномов привело к тому, что, начиная с 1996 г., нарастает разрыв между количеством известных генов и охарактеризованными белками. Как следствие в глобальных банках данных быстро накапливаются сведения о новых формах цитохромов Р450 в составе цельных геномов. Информация о способах клонирования, выделения кодирующей ДНК и препарата белка, не говоря уже о функциональных характеристиках фермента, отсутствует.

В области получения препарата белка и изучении его функциональных свойств за прошедшие 15 лет методический прогресс был не так ощутим, как в технологиях расшифровки геномов [Cham, 2005;

Bennet et al., 2005]. Как отображено на рис. 10, накопление данных о функциональных свойствах белков надсемейства происходит медленно, и за прошедшие 15 лет количество изученных с точки зрения субстратной специфичности форм увеличилось менее чем в 5 раз, в то время, как количество обнаруженных генов цитохромов Р450 возросло более чем в 100 раз.

В действительности ситуация представляется даже более сложной, поскольку существует множество форм цитохромов Р450, каждая из которых способна окислять несколько или даже десятки субстратов [Werk-reichhart, 2000]. Так, например, в настоящее время для каждой из 334 форм цитохромов Р450 известны 1 и более субстратов, но лишь для каждого из 79 цитохромов Р450 известно более 5 субстратов.

Ряд исследователей [Korolev et al., 2003;

Lewis et al., 2006;

Borodina et al., 2004] ведут работы по вычислительному прогнозированию каталитически активной формы фермента по заданной структурной формуле химического соединения. Для этого используются различные варианты методов анализа взаимоотношений структура активность (QSAR, см. рис. 11а). Однако, как следует из вышесказанного, область такого рода исследования довольно ограниченная – статистически достоверные данные могут быть получены всего для 79 белков, при их общем количестве более тыс. Уровень предсказательной достоверности указанной группы методов невысок, и колеблется в диапазоне 60-70%, что определяется перекрестной субстратной специфичностью, присущей многим формам цитохрома Р450.

(а) (б) Рис. 11. Традиционные подходы к установлению взаимосвязи структура-функция (а) и необходимый путь дальнейшего развития биоинформационных методов в области надсемейства цитохромов Р450 (б).

Не отрицая важность прогнозирования профиля взаимодействия химического соединения с цитохромами Р450 с точки зрения задач исследования фармакокинетики прототипов новых лекарств, хотелось бы, опираясь на данные рис. 10, привлечь внимание к наиболее важной, прямо противоположной проблеме, схематически изображенной на рис. 11б. В данном случае исследователь исходно располагает информацией только о первичной структуре цитохрома Р450, расшифрованной на основании анализа геномной информации. Вполне вероятно, что предсказанный белок является функционально активным, т.е. может быть использован для решения прикладных задач биотехнологии, создания биологически активных соединений, мониторинга окружающей среды и проч. Однако, на пути практического применения сведений о первичной структуре новой формы цитохрома Р450 стоит препятствие, заключающееся в большой трудоемкости экспериментальных методов исследования, направленных на выявление функции белка. Преодолеть этот барьер возможно только с использованием вычислительных методов прогнозирования, которые позволили бы за счет анализа особенностей последовательности аминокислотных остатков сделать выводы о субстратной специфичности, предсказать наиболее вероятные каталитические реакции и их продукты.

В настоящее время однозначных подходов к решению указанной проблемы не существует. Использование базы знаний для проведения инвентаризации, индексации, поиска общих и частных мотивов позволило выявить ограничения методов, основанных на алгоритме выравнивания. Дальнейшее развитие исследований в направлении предсказания функций новых форм цитохромов Р450, по-видимому, должно быть связано с дополнительными аналитическими алгоритмами, такими как, молекулярное моделирование, анализ распределения аминокислотных остатков [Otaki et al., 2006], изучение закономерностей скрытой периодичности [Turutina et al., 2006], выявление минимальных модульных повторов [Barney, 2006] и проч.

4. ВЫВОДЫ 1. Разработана информационная система – база знаний, обеспечивающая интегрированную платформу для хранения и анализа информации о структурно функциональных особенностях белков надсемейства цитохромов Р450.

2. В состав базы знаний включены методы обработки информационного массива и разработана технология применения этих методов в научно-исследовательской работе.

3. С использованием базы знаний получены следующие научные результаты:

а) разработаны подходы к кластерному анализу (инвентаризации) надсемейства цитохромов Р450;

б) метод индексации предложен в качестве объективного способа упорядочивания белков надсемейства по степени их родства с реконструируемыми консенсусами предшественниками;

в) установлено, что последовательностям белков надсемейства цитохромов Р присущи мотивы двух типов: мотивы общего характера, обеспечивающие единство фолда и механизмов катализа, и мотивы частного характера, обеспечивающие специфичность функциональной активности.

4. Предложен новый подход к классификации белков надсемейства цитохромов Р450, основанный на анализе мотивов общего и частного характера в первичных структурах этих белков.

5. Показано, что общая тенденция накопления данных в отношении надсемейства характеризуется прогрессирующим отставанием объема сведений о функциональной активности от объема информации о расшифрованных генах, кодирующих цитохромы Р450. Задача прогнозирования функциональной активности новых форм определена как основная проблема в дальнейшем развитии биоинформационных исследований в области надсемейства цитохромов Р450.

5. СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ 1. Archakov A.I., Ivanov A.S., Lisitsa A.V., Rukavishnikov I.G. Leucine clusters (L) 3+N as sites of interaction of microsomal cytochromes P450 with the membrane phospholipids. //In: Proceedings of 7-th International Conference “Biochemistry & Biophysics of cytochrome P450: Structure & Function, Biotehnology & Ecological Aspekts. (Archakov A.I., Bachmanova G.I., eds).-INCO-TNC Joint Stock Company. 1992.-P.716-718.

2. Archakov A.I., Bachmanova G.I., Sandler M.K., Tutochkin I.Y., Lisitsa A.V.

Cytochrome P450 database and its scientific application. //In: Proceedings of 7-th International Conference “Biochemistry & Biophysics of Сytochrome P450: Structure & Function, Biotehnology & Ecological Aspekts. (Archakov A.I., Bachmanova G.I., eds). INCO-TNC Joint Stock Company.-1992.-P.-673-679.

3. Archakov A.I., Degtyarenko K.N., Lisitsa A.V. Common motifs in microsomal cytochrome P450 N-terminal membrane fragment of cytochrome P450 LM2. //J. Basic & Clinical Physiology & Pharmacology.-1992.-P.97-98.

4. Lisitsa A.V., Bachmanova G.I., Archakov A.I. Cytochrome P450 database for prediction of drugs fate in living systems. //In: Abstr. 9-th International Conference “Cytochrome P450: Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology”.-Zarich.-1995.-P.173.

5. Archakov A.I., Bachmanova G.I., Lisitsa A.V., Sandler M.K. Prediction of drugs fate by using cytochrome P450 database. //In: Abstr. of 3-th IUBMB Company Molecular Recognition.-Singapore.-1995.-P.103.

6. Archakov A.I., Lyashenko A.A., Lisitsa A.V., Koymans L. Cytochrome P450 database and its usage for analysis of structural functional domains and substrate specificity.

//Exp. Toxic. Pathol.-1996.-V.48(5).-P.329-330.

7. Archakov A.I., Lisitsa A.V., ZgodaV.G., Koymans L. The determination of the cytochrome P450 superfamily frontiers. //In: Abstr. 12-th International symposium on microsomes and drug oxidations.-Montpellier France Le Corum.-1998.-P.419.

8. Gusev S., Archakov A., Lisitsa A., Zgoda V., Koymans L. N-Tuple alignment of biological texts. //In: Abstr. 12-th International symposium on microsomes and drug oxidations.-Montpellier France Le Corum.-1998.-P.420.

9. Lisitsa A.V., Archakov A.I., Koymans L. Automatic procedure for the proteins clusterization applied to the cytochrome P450 superfamily. //In: Abstr. 12-th International symposium on microsomes and drug oxidations.-Montpellier France Le Corum.-1998.-P.421.

10. Archakov A.I., Lisitsa A.V., Zgoda V.G., Ivanov A.S., Koymans L. Clusterization of P450 superfamily using the objective pair alignment method and the UPGMA program.

//J. Mol. Model.-1998.-V.4.-P.234-238.

11. Lisitsa A., Gusev S. Cytochrome P450 database and its scientific application. //In: Abstr.

International workshop “From Sequence to function: Experimental and Bioinformatic Studies of Cytochrome P450 Superfamily”.-Moscow.-2000.-P.21.

12. Gusev S., Lisitsa A. Creation of structural functional map for P450 proteins. //In: Abstr.

International workshop “From Sequence to function: Experimental and Bioinformatic Studies of Cytochrome P450 Superfamily”.-Moscow.-2000.-P.25.

13. Ivanov A., Dubanov A., Skvortsov V., Gusev S., Lisitsa A., Archakov A. Genome analysis and computer modelling of cytochromes P450 from Mycobacterium tuberculosis. //In: Abstr. International workshop “From Sequence to function:

Experimental and Bioinformatic Studies of Cytochrome P450 Superfamily”.-Moscow. 2000.-P.26.

14. Gusev S.A., Lisitsa A.V., Karuzina I.I., Archakov A.I. Cytochrome P450 Database. //In:

Abstr. 13 International Symposium on Microsomes and Drug Oxidation.-Stresa-Italy. Satellite Symposium of the VII World Conference on Clinical Pharmacology and Therapeutics.-Florence.-2000.-P.179.

15. Lisitsa A.V., Gusev S.A., Archakov A.I. Structural functional motifs in 14 demethylase of Mycobacterium tuberculosis. //In: Abstr. 13 International Symposium on Microsomes and Drug Oxidation.-Stresa-Italy.-Satellite Symposium of the VII World Conference on Clinical Pharmacology and Therapeutics.-Florence.-2000.-P.180.

16. Лисица А.В., Гусев С.А. Биоинформатика первичной структуры белков. //Вопросы мед. химии.-2001.-Т.47.-С.659-663.

17. Archakov A., Lisitsa A., Gusev S., Koymans L., Janssen P. Inventory of the Cytochrome P450 superfamily. //J.Mol.Model.-2001.-V.7.-P.140-142.

18. Lisitsa A.V., Gusev S.A., Karuzina I.I., Archakov A.I., Koymans L. Cytochrome P database. //SAR QSAR Environ Res.-2001.-V.12(4).-P.359-66.

19. Lisitsa A.V., Gusev S.A., Archakov A.I. Application of protein indexing to Cytochrome P450 superfamily. //In: Abstr. 4-th International Conference on Molecular Structural Biology.-Vienna.-2001.-P.81.

20. Lisitsa A.V., Gusev S.A., Archakov A.I. Index of cytochrome P450 superfamily. //In:

Abstr. 12-th International Conference on Cytochrome P450. Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology.-France.-2001.-P.102.

21. Shumyantseva V.V., Bulko T.V., Petushkova N.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Specific binding of riboflavin to the cytochrome P450 2B4: fluorometric and spectroscopic studies. //In: Abstr. 12-th International Conference on Cytochrome P450. Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology.-France.-2001.-P.116.

22. Gusev S.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Structural-functional motifs of cytochromes P450. //In: Abstr. 12-th International Conference on Cytochrome P450. Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology.-France.-2001.-P.119.

23. Archakov A.I., Lisitsa A.V., Gusev S.A., Govorun V.M. Proteomic indexing of Cytochrome P450 Superfamily. //In: Abstr. International Meeting on Proteome Analysis.-Munchen.-2001.-P.133.

24. Lisitsa A.V. Cytochrome P450 Database: From data to knowledge. //In: Abstr.

International Conference Genomics and Bioinformatics for Medicine.-St.Peterburg Moscow.-2002.-P.52.

25. Borodina Ju.V., Lisitsa A.V., Poroikov V.V., Filimonov D.A, Sobolev B.N., Archakov A.I. If there exists correspondence between similarity of substrates and protein sequences in cytochrome P450 superfamily? //In: Abstr. International Conference Genomics and Bioinformatics for Medicine.-St.Peterburg-Moscow.-2002.-P.76.

26. Archakov A.I., Karuzina I.I., Petushkova N.A., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. Production of carbon monoxide by cytochrome P450 during iron-dependent lipid peroxidation.

//Toxicology in vitro.-2002.-V.16.-P.1-10.

27. Lisitsa A., Borodina Ju., Filimonov D., Archakov A. Cytochrome P450 Database: from data to knowledge. //In: Abstr. 14th International Symposiun in Microsomes and Drug Oxidation.-Sapporo Japan.-2002.-P.84.

28. Лисица А.В., Мирошниченко Ю.В., Иванов А.С., Арчаков А.И. Общее и частное в структурной организации белков надсемейства цитохромов Р450. //Аллергия, астма и клиническая иммунология.-2003.-№8.-C.14-19.

29. Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Карузина И.И., Мирошниченко Ю.В.

Автоматизированное аннотирование функциональных свойств белков надсемейства цитохромов Р450. //Аллергия, астма и клиническая иммунология. 2003.-№8.-C.95-99.

30. Арчаков А.И., Канаева И.П., Петушкова Н.А., Згода В.Г., Лисица А.В., Карузина И.И. Создание протеомных карт белков микросом клеток печени и лимфоцитов крови мышей с целью разработки новых диагностических тестов. //Аллергия, астма и клиническая иммунология.-2003.-№9.-C.179-181.

31. Иванов А.С., Скворцов В.С., Сеченых А.А., Дубанов А.В., Лисица А.В.

Компьютерное моделирование трехмерной структуры цитохрома Р450.

//Биомедицинская химия.-2003.-Т.49(3).-С.221-37.

32. Borodina Y.V., Lisitsa A.V., Poroikov V.V., Filimonov D.A., Sobolev B.N., Archakov A.I. If there Exists Correspondence between Similarity of Substrates and Protein Sequences in Cytochromes P450 Superfamily? //Nova Acta Heopoldina.-2003.-V.329. P.47-55.

33. Archakov A.I., Lisitsa A.V., Gusev S.A., Miroshnichenko Yu.V. Bioinformatic Insight into the Structural Unity and Diversity of Cytochromes P450. //In: Proceedings 13-th International Conference on Cytochromes P450.-Prague.-2003.-P.7-13.

34. Ivanov A.S., Skvortsov V.S., Lisitsa A.V., Archakov A.I. General trends in 3D modelling of cytochromes P450. //In: Proceedings 13-th International Conference on Cytochromes P450.-Prague.-2003.-P.47-54.

35. Lisitsa A.V, Ponomarenko E.A., Karuzina I.I., Ivanov A.S., Archakov A.I. Balance Sheet for Cytochrome P450 Knowledgebase. //In: Proceedings 13-th International Conference on Cytochromes P450.-Prague.-2003.-P.67-73.

36. Lisitsa A.V., Gusev S.A., Archakov A.I. Motif-based criterion corrects the clustering of protein sequences. //In: Abstr. 5th International Conference on Molecular Structural Biology.-Vienna.-2003.-P.79.

37. Lisitsa A.V., Archakov A.I., Lewi P., Janssen P. Bioinformatic insight into the unity and diversity of cytochromes P450. //Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology.-2003.-V.25(9).-P.733-745.

38. Иванов А.С., Скворцов В.С., Сеченых А.А., Дубанов А.В., Лисица А.В. Проблемы и перспективы компьютерного моделирования трехмерной структуры цитохромов Р450. //Сборник материалов Сессии ИВТН-2003.-Москва.-2003.-С.6-7.

39. Иванов Н.А., Лисица А.В., Пономаренко Е.А., Арчаков А.И. Тематический анализ резюме научных публикаций в области цитохромов Р450. //Сборник материалов Сессии ИВТН-2003.-Москва.-2003.-С.28-29.

40. Lisitsa A.V., Archakov A.I. Bioinformatics of protein primary structure. //In: Annals of the European Academy of Sciences. Khalatnikov I.M. (Ed). EAS Publishing House:

Brussels.-2003.-P. 48-74.

41. Лисица А.В., Мирошниченко Ю.В., Пономаренко Е.А. База знаний по цитохромам Р450. //Сборник научных трудов Х Российского национального конгресса «Человек и лекарство».-2003.-С.730.

42. Канаева И.П., Петушкова Н.А., Лохов П.Г., Згода В.Г., Карузина И.И., Лисица А.В., Арчаков А.А. Изучение микросом печени мышей с помощью методов протеомного анализа. //Биомедицинская химия.-2004.- Т.50(4).-С.367-75.

43. Lisitsa A.V. Bioinformatic means for the integration of heterogeneous data and methods. //In: Abstr. 2nd International conference “Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine”.-Moscow-Ples-Moscow.-2004.-P.59.

44. Lisitsa A.V., Archakov A.I. Cytochrome P450 Knowledgebase (CPK). //In: Abstr. 7th International symposium on Cytochrome P450. Biodiversity and biotechnology.-Japan. 2004.-P.43.

45. Лисица А.В., Гусев С.А., Мирошниченко Ю.В., Кузнецова Г.П., Лазарев В.Н., Скворцов В.С., Карузина И.И., Говорун В.М., Арчаков А.И. Структурно функциональные мотивы стероловых 14-альфа-деметилаз (CYP51).

//Биомедицинская химия.-2004.-Т.50(6).-С.555-65.

46. Арчаков А.И., Гусев С.А., Лисица А.В. База данных по цитохромам Р450.

//Свидетельство об официальной регистрации базы данных №2004620199.-2004.

47. Kanaeva I.P., Petushkova N.A., Lisitsa A.V., Lokhov P.G., Zgoda V.G., Karuzina I.I., Archakov A.I. Proteomic and biochemical analysis of the mouse liver microsomes.

//Toxicol In Vitro.-2005.-V.19(6).-P.805-12.

48. Арчаков А.И., Лисица А.В. Биоинформатика и биоинформационные технологии.

//Труды ХII Всероссийской научно-методической конференции «Телематика’2005».-Санкт-Петербург.-2005.-Т.1.-С.55-56.

49. Lisitsa A.V., Ponomarenko E.A., Gusev S.A., Kuznetsova G.P., Karuzina I.I., Lewi P., Archakov A.I. Cytochrome P450 knowledgebase: structure and functionality. //In:

Proceedings 14th International conference on cytochromes P450: biophysics and bioinformatics.-Dallas, USA.-2005.-P.29-34.

50. Lisitsa A.V. Integrated management of dataflow within the proteomic projects. //In:

Abstr. HUPO 4th annual world congress “From defining the proteome to understanding function”.-Munich, Germany.-2005.-P.83.

51. Петушкова Н.А., Канаева И.П., Шереметьева Г.Ф., Згода В.Г., Лохов П.Г., Лисица А.В., Карузина И.И., Арчаков А.И. Использование протеомных технологий для выявления и идентификации цитохромов Р450 микросом клеток печени человека.

Аллергия, астма и клиническая иммунология.-2005.-№5.-C.11-17.

52. Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Карузина И.И., Гусев С.А. База знаний по цитохромам Р450. //Сборник материалов Сессии ИВТН-2006.-Москва.-2006.-С.32.

53. Шумянцева В.В., Булко Т.В., Рудаков Ю.О., Саменкова Н.Ф., Лисица А.В., Карузина И.И., Арчаков А.И. Наноэлектрохимия цитохромов Р450: прямой перенос электронов и электрокатализ. //Биомедицинская химия.-2006.-Т.52(5). С.458-68.

54. Ivanov A.S., Gnedenko O.V., Molnar A.A., Mezentsev Yu.V., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Protein-protein interactions as new targets for drug design: interactive links between virtual and experimental approaches. //In: Abstr. 5rd International conference on bioinformatics of genome regulation and structure.- Novosibirsk.-2006.-V.1.-P.277-281.

55. Petushkova N.A., Kanaeva I.P., Lisitsa A.V., Sheremetyeva G.F., Zgoda V.G., Samenkova N.F., Karuzina I.I., Archakov A.I. Characterization of human liver cytochromes P450 by combining the biochemical and proteomic approaches. //Toxicol In Vitro.-2006.-V.20(6).-P.966-74.

56. Zgoda V., Tikhonova O., Lisitsa A., Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. //In: Abstr. 3rd International conference “Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnologies for medicine”. Novosibirsk.-2006.-P.65.

57. Archakov A., Lisitsa A. Platform from genomes to drugs – escorting the data-driven drug design. //In: Abstr. 3rd International conference “Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnologies for medicine”.-Novosibirsk.-2006.-P.72.

58. Ivanov A., Molnar A., Lisitsa A., Archakov A. Integration of computer and experimental approaches for discovery of inhibitors of protein interactions. //In: Abstr. 3rd International conference “Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnologies for medicine”.-Novosibirsk.-2006.-P.77.

59. Zgoda V., Tikhonova O., Lisitsa A., Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. //In: Abstr. HUPO 5rd annual world congress. Long Beach, California.-2006.-P.145.

60. Lisitsa A., Nikitin I., Archakov A., Podoplelov A., Thiele H. Recognizing the proteomic patterns of induced toxicity with 1D-ZOOMER approach. //In: Abstr. HUPO 5rd annual world congress.-Long Beach, California.-2006.-P.146.

61. Арчаков А.И., Лисица А.В., Пятницкий М.А., Руденко В.А., Тихонова О.В.

Протей. //Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ №2006611941.-2006.

62. Zgoda V., Tikhonova O., Viglinskaya A., Serebriakova M., Lisitsa A., Archakov A.

Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. //Proteomics. 2006.-V.6(16).-P.4662-4670.

63. Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. AFM fishing nanotechnology is the way to reverse the Avogadro number in proteomics. //Proteomics.-2007.-V.7(1).-P.4 9.



Pages:     | 1 ||
 




 
2013 www.netess.ru - «Бесплатная библиотека авторефератов кандидатских и докторских диссертаций»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.